Nadleśniczy jednoosobowo kieruje nadleśnictwem, ponosi za nie odpowiedzialność i reprezentuje je na zewnątrz.

Zastępca Nadleśniczego ds. Gospodari Leśnej odpowiada za całokształt sfery produkcyjnej w nadleśnictwie, kieruje Działem Gospodarki Leśnej i pracą leśniczych.

Zastępca Nadleśniczego ds. Administracji i Udostępniania Lasu odpowiada za całokształt sfery administracyjnej w nadleśnictwie, kieruje Działem Gospodarki Administracji, Stanem Posiadania, Transportem oraz Zamówieniami Publicznymi.

Dział Gospodarki Leśnej prowadzi całokształt spraw związanych z planowaniem, organizacją, koordynacją i nadzorem prac w zakresie selekcji i nasiennictwa, szkółkarstwa i hodowli lasu, ochrony lasu (w tym ochrony przeciwpożarowej), ochrony przyrody i zagospodarowania turystycznego, łowiectwa oraz innych działów zagospodarowania lasu, urządzania lasu, użytkowania lasu oraz sprzedaży drewna i użytków ubocznych, postępu technicznego i technologicznego. Ponadto w ramach prowadzonej gospodarki leśnej pracownicy działu technicznego prowadzą zajęcia edukacyjne, mają kontakt z mediami i prowadzą witryne internetowej nadleśnictwa (stronę www) oraz Facebooka. Pracownicy działu nadzorują gospodarkę leśną w lasach niebędących w zarządzie Państwowego Gospodarstwa Leśnego Lasy Państwowe, zleconych w nadzór Nadleśnictwu Międzylesie przez starostę.Dział Techniczny prowadzi również sprawy związane ze stanem posiadania i  ewidencją gruntów oraz udostępnianiem lasu, a także przygotowuje i obsługuje merytorycznie narady nadleśniczego z kierownikami działów i leśniczymi.

Leśnictwa są podstawową jednostką terenową w nadleśnictwie, w której bezpośrednio prowadzona jest gospodarka leśna. Leśnictwem kieruje leśniczy wraz z podleśniczym, z którym razem wykonują prace związane z gospodarką leśną.

Stanowisko do spraw kontroli zajmowane jest w nadleśnictwie przez jednego inżyniera nadzoru. Kontroluje on  prawidłowość wykonywania czynności gospodarczych w nadleśnictwie oraz zadania wynikające z ochrony mienia i udostępniania lasu. Wydaje zalecenia w zakresie ustalonym przez nadleśniczego i ściśle współpracuje z zastępcą nadleśniczego poprzez wzajemne konsultacje, zgłaszanie uwag i propozycji.

Główny księgowy wykonuje zadania i ponosi odpowiedzialność w zakresie księgowości, finansów, planowania finansowo-ekonomicznego, analiz, sprawozdawczości, a także organizuje i sprawuje kontrolę wewnętrzną, dokumentów finansowo-księgowych. Główny księgowy kieruje działem finansowo-księgowym.

Dział Administracyjno-Gospodarczy zajmuje się całokształtem spraw związanych z pełną obsługą administracyjną nadleśnictwa, administrowaniem nieruchomościami, sporządzeniem i realizacją planów budowy i zakupów środków trwałych oraz planem remontów w zakresie infrastruktury. Działem tym kieruje sekretarz, który podlega Zastępcy Nadleśniczego ds. Administracji i Udostępniania Lasu. Sekretarz jest jednocześnie bezpośrednim przełożonym kierownika gospodarstwa pomocniczego (Składnicy drenwa).

Stanowisko do spraw bezpieczeństwa i higieny pracy podlega bezpośrednio nadleśniczemu. Do zadań pracownika należy koordynacja całokształtu spraw związanych z przestrzeganiem przepisów i zasad bhp w nadleśnictwie, analizowanie przyczyn wypadków przy pracy i skutków chorób zawodowych, a także stanu zdrowotnego załogi, organizowanie badań, szczepień i innej działalności profilaktycznej oraz podejmowanie środków zaradczych w tym zakresie.

Stanowisko do spraw pracowniczych podlega bezpośrednio nadleśniczemu. Pracownik prowadzi całokształt spraw kadrowych w nadleśnictwie.

Stanowisko do spraw ochrony informacji niejawnych także podlega bezpośrednio nadleśniczemu. Do zadań pracownika należy prowadzenie i nadzorowanie spraw gospodarczo-obronnych, obrony cywilnej, kancelarii tajnej w nadleśnictwie oraz spraw związanych z ochroną tajemnicy państwowej.

Posterunek Straży Leśnej jest komórką organizacyjną przy nadleśnictwie, powołaną do zwalczania przestępstw i wykroczeń z zakresu szkodnictwa leśnego oraz wykonywaniem innych zadań związanych z ochroną mienia Skarbu Państwa, będącego w zarządzie Nadleśnictwa. Posterunek Straży Leśnej jest komórką organizacyjną wchodzącą w skład Nadleśnictwa jako jednostka specjalistyczna do zadań szczególnych. Posterunkiem kieruje Komendant, podległy bezpośrednio Nadleśniczemu. Komendantowi posterunku podlega Strażnik leśny.

Stażysta przygotowuje się do pracy na stanowiskach samodzielnych i kierowniczych w Służbie Leśnej.